2016年9月，经学校党委会议研究决定教学评估办公室和高等教育研究所合署办公，设置为学校行政部门，内设教学质量管理科、教学督导室、高教研究室3个科室，分别负责本科教学质量管理、本科教学评估、高等教育教学研究项目管理等工作。

教学评估办公室成立于2005年12月，原与教务处合署办公。工作职责为：根据教育部制定的方针、政策和评估指标体系，制定学校的校院级本科教学工作评估指标体系；实施校院级本科教学工作评估；开展有关专业教学评估工作；开展教学检查和学生评教工作；开展教学督导工作；教学质量管理；开展学校授权和委托的其他有关工作。

高等教育研究所成立于1984年9月，最初挂靠在教务处的高教研究室。2003年机构调整时，高教研究室并入发展规划处；2008年7月，正式更名为高等教育研究所，现为学校直属处级机构。工作职责为：围绕学校教育教学改革和发展的重要问题展开调研；编辑《南林高教信息》；组织校级高教研究课题指南发布、申报、评选和结题鉴定；组织省级以上高教课题的申报、推荐和日常管理工作。

高等教育研究所、教学评估办公室积极开展学术活动和社会服务，2015年被评为全省教科研系统先进集体。